La Hypnerotomachia Poliphili, el libro de Francesco Colonna publicado en Venecia en 1499, está tan presente en el manuscrito SOMNIVM IACOB como en la obra construida de Andrés de Vandelvira.  

Don Andrés Ortega les resume a Alonso y Juan el contenido del extraño libro, que no sabe si calificarlo de libro de arquitectura, tragedia amorosa, libro de caballerías, manual de epigramas latinos, o quién sabe qué cosas más:

Se trata del extraño sueño del personaje llamado Polifilo, contado por él mismo. Polifilo no es el nombre verdadero del personaje, pero se hace llamar así por estar enamorado de Polia, una bella mujer fuera de su alcance. Realiza un viaje en sueños en el que va descubriendo asombrosas arquitecturas y paradisíacos lugares, conociendo extraordinarios personajes, tanto divinos como humanos. Polifilo sueña su propia muerte al ser despreciado por Polia, pero más adelante revive gracias a la propia Polia, que ya sí corresponde al amor de Polifilo. Al final del sueño, Polifilo descubre que en realidad la que está muerta es Polia, al encontrar la tumba de su amada.

Su título completo es, reproduciendo la portada con su misma disposición: 

HYPNEROTOMACHIA POLIPHILI, VBI HV
MANA OMNIA NON NISI SOMNIVM
ESSE DOCET. ATQVE OBITER
PLVRIMA SCITV SANE
QVAM DIGNA COM
MEMORAT.
*    *    *
*   *
*

Que significa: «Lucha de amor en sueños de Polifilo, donde enseña que todo lo humano no es sino sueño y además recuerda hábilmente muchas cosas dignísimas».

Juan dedica toda una mañana a escuchar de labios de don Andrés Ortega el contenido de este maravilloso libro. Allí encuentra numerosas pistas muy importantes para la investigación y copia algunos de sus grabados, ya sea porque ve en ellos posibles relaciones con su abuelo Andrés, y por tanto pistas para descubrir el secreto, o simplemente porque le llamaban la atención, como los jeroglíficos de DIVO JULIO CAESAR y el de las hormigas-elefante, que don Andrés le traduce.